COVID-19 : identification des espèces animales à l’origine possible de la pandémie

Grâce aux séquençages génétiques des échantillons prélevés sur les stands du marché après sa fermeture le 1er janvier 2020, les scientifiques ont mis en évidence la co-présence en ce lieu du matériel génétique du virus SARS-CoV-2 et de celui de certains animaux sauvages. Parmi les espèces identifiées figurent notamment les chiens viverrins et les civettes, deux espèces déjà impliquées dans l’émergence du SARS en 2002 et considérées comme facilitant le passage du virus aux humains.
Les échantillons avaient été séquencés grâce à une technique dite méta-transcriptomique, qui a permis à l’équipe de recherche d’identifier l’ensemble du matériel génétique des organismes présents dans chaque échantillon (qu’il s’agisse de virus, bactéries, plantes, animaux ou humains). L’analyse des données de séquençage a permis de caractériser le génotype des animaux présents sur le marché et de retracer leur origine géographique probable.

En parallèle, les scientifiques ont étudié les génomes viraux des premiers patients atteints de COVID-19 afin de retracer l’évolution possible du virus. Ils ont ainsi mis en évidence que la diversité génétique du virus présente dans le marché était représentative de la diversité génétique des cas humains précoces de la pandémie. Ce résultat, cohérent avec une origine au marché, s’ajoute à d’autres déjà existants comme la localisation des premiers cas à proximité du marché de Huanan.
Ainsi, l’ensemble de ces nouvelles informations va dans le sens de l’hypothèse selon laquelle la pandémie aurait été déclenchée par l’introduction d’animaux infectés sur le marché à la fin 2019.

L’étude révèle également la présence d’autres virus zoonotiques sur le marché, soulignant le risque élevé de nouvelles pandémies liées à la vente d’animaux vivants au sein de villes densément peuplées. Identifier les activités humaines les plus susceptibles de déclencher de nouvelles pandémies est en effet crucial pour mieux anticiper et prévenir ces crises sanitaires.

 

 

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Source : CNRS

Photo : WildMedia / Shutterstock

 

Les espèces de poissons les plus menacées sont les moins étudiées

Tel est le résultat surprenant d’une équipe de scientifiques menée par un chercheur du CNRS . Dans leur étude parue dans Science Advances le 17 juillet, ils ont mesuré l’intérêt humain à l’égard de 2 408 espèces de poissons de récif marin et ont révélé que la communauté scientifique serait davantage guidée par l’attrait commercial des poissons que par leur importance écologique. Le grand public semble, quant à lui, surtout influencé par les aspects esthétiques de certaines espèces (tels que le poisson scorpion, Pterois volitans, ou le poisson-mandarin, Synchiropus splendidus).
Prenons l’exemple des Blennies (Blenniidae) et des Gobiidés (Gobiidae), deux familles de poissons ne récoltant presque pas l’attention du public et peu d’effort de recherche. Ces poissons ont pourtant un rôle clé dans le fonctionnement des récifs, notamment comme nettoyeurs. De petite taille, ils sont essentiels dans la « trophodynamique » des récifs, c’est-à-dire le transfert de l’énergie et de la matière fournies par les petites proies vers les consommateurs plus gros.

Pour arriver à ces résultats, les scientifiques se sont appuyés sur le big data : bases de données scientifiques, réseaux sociaux et statistiques de consultation de pages Wikipédia des différents poissons. Par exemple, les 2408 espèces étudiées cumulent plus de 17 millions de vues sur Wikipédia, mais 50 % de ces vues ne concernent que 7 % des espèces ici considérées, et 20 % des vues seulement 1 % de ces espèces. Plus encore : 1 % des espèces étudiées cumulent presque 50 % des publications scientifiques.

Ces résultats mettent ainsi à jour les biais qui nuisent directement à la préservation des espèces marines ; à tel point que les auteurs sonnent aujourd’hui l’alarme. Ces derniers soulignent l’importance d’aligner l’intérêt humain pour la biodiversité avec les besoins de conservation et la santé des écosystèmes. Aussi, les chercheurs et chercheuses proposent d’initier des campagnes de sensibilisation afin d’attirer l’attention du public sur les espèces en danger et négligées. Enfin, ils suggèrent de mettre en place des programmes de recherche prenant en compte toutes les composantes des écosystèmes, pour une stratégie de préservation globale et non plus orientée par des impératifs commerciaux.

 

 

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Source : CNRS

Photo : Khoroshunova Olga / Shutterstock

Comment l’humain transforme les communautés d’oiseaux insulaires

Une équipe scientifique internationale, menée par trois scientifiques du CNRS et de l’université Paris-Saclay , a démontré comment l‘humain façonne la diversité des espèces non natives de manière plus marquée que les variables géographiques sur la plupart des 400 îles étudiées.

En fonction des sélections opérées par l’humain, certaines îles comportent de grandes diversités fonctionnelle et phylogénétique, comme la Nouvelle-Zélande, alors que d’autres îles, comme les Seychelles ont des diversités beaucoup plus faibles. Les chercheuses et leurs collègues ont donc cherché à savoir pourquoi de tels écarts de diversité sont constatés entre les îles, et si l’influence humaine explique à elle seule ces variations. Ils révèlent que les variables humaines liées à la pression de colonisation (nombre de fois où les humains apportent de nouvelles espèces), la modification des habitats naturels et la connectivité humaine (nombre de ports et aéroports) ainsi que la taille de la population humaine ont un effet important sur les diversités fonctionnelle et phylogénétique.

Ces travaux apportent une nouvelle preuve selon laquelle l’humain est responsable des schémas de distribution de la biodiversité contemporaine. En sélectionnant des espèces qui lui sont utiles, souvent issues de familles proches, l’humain appauvrit la diversité globale présente dans les îles et réduit les possibilités futures d’adaptation de ces communautés insulaires. Cela est particulièrement problématique pour les écosystèmes insulaires qui sont soumis à de nombreuses contraintes et desquels les espèces natives ne peuvent pas s’échapper, du fait de leur isolement.

 

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Source : CNRS

Photo : Worraket / Shutterstock

Le cerveau des singes reconnaît les voix humaines

En utilisant l’électrophysiologie guidée par l’IRMf, les chercheurs ont enregistré l’activité des neurones individuels dans les aires vocales temporales antérieures de deux macaques. L’étude s’est concentrée sur les réponses des macaques à divers sons complexes, y compris des vocalisations de plusieurs espèces. Cette approche a permis à l’équipe de découvrir des neurones insoupçonnés hautement sélectifs pour les voix humaines.

Ils ont notamment identifié une sous-population de neurones dans les aires vocales temporales antérieures des macaques qui réagissent sélectivement aux voix humaines, séparément de ceux qui réagissent aux vocalisations des macaques. « Nous avons été très surpris de constater que de nombreux neurones préféraient en fait la voix humaine aux vocalisations des macaques », explique le Dr Margherita Giamundo, premier auteur de l’étude. « Ils étaient même plus nombreux que les neurones sélectifs aux voix de macaques ».

Ces neurones ont démontré une forte sélectivité pour les voix humaines, les traitant d’une manière similaire à celle dont les cerveaux humains traitent les voix, plutôt que de s’appuyer sur des caractéristiques acoustiques de bas niveau.

Les résultats suggèrent que la sélectivité de ces neurones est probablement due à la forte exposition quotidienne des macaques aux voix humaines. Le Dr Pascal Belin, auteur principal, ajoute : « Je doute que ces neurones existent chez les macaques sauvages, car ils n’ont pas été en contact significatif avec des voix humaines. La présence de neurones chez les macaques qui répondent spécifiquement aux voix humaines suggère un niveau remarquable de plasticité et d’adaptation neuronale, soulignant le lien complexe entre les humains et les animaux ». Cette découverte souligne l’impact de l’expérience environnementale sur le développement neuronal. « Les voix humaines sont plus pertinentes que les cris des macaques pour les singes de laboratoire », déclare le Dr Thomas Brochier, coauteur principal de l’étude. « Elles peuvent annoncer l’arrivée du vétérinaire (mauvaise nouvelle) ou de l’expérimentateur qui leur a été assigné (bonne nouvelle). »

Cette découverte est la première à démontrer l’évolution mécanismes neuronaux de la perception vocale chez les primates en faveur de la reconnaissance des voix humaines, mais d’autres études similaires ont été menées sur d’autres espèces. « Il existe de nombreux exemples d’espèces qui analysent les vocalisations d’autres espèces – proies ou prédateurs – mais cela implique une coévolution sur des millions d’années », explique le Dr Attila Andics, de l’université ELTE de Budapest (Hongrie), qui n’a pas participé à l’étude mais a découvert chez les chiens des zones sensibles aux voix humaines. « Il est probable qu’un mécanisme similaire à celui découvert dans cette étude soit également en jeu chez nos chats ou nos chiens. »

Cette découverte remet en question la perspective purement évolutionniste de la sélectivité vocale, suggérant que l’expertise et l’exposition environnementale jouent un rôle crucial dans la formation des mécanismes neuronaux. Elle améliore notre compréhension de la communication inter-espèces et de la base neuronale de l’expertise auditive, ce qui pourrait nous éclairer sur des mécanismes similaires chez l’Homme, tels que l’expertise musicale.

 

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Source : CNRS / Aix-Marseille université

Photo : Kamal Hari Menon / Shutterstock

L’histoire de la mobilité à cheval remise en cause par l’ADN ancien

Dans le cadre de cette étude, l’équipe de recherche a rassemblé une vaste collection de restes archéologiques de chevaux couvrant l’Eurasie tout entière. En s’appuyant sur des techniques de pointe permettant le séquençage d’ADN ancien, les scientifiques ont pu analyser les transformations génétiques qui ont accompagné l’émergence de l’équitation avec une précision inégalée, et y retrouver le moment où l’élevage du cheval a débuté.

Ils ont tout d’abord cherché à placer précisément dans le temps l’époque où les ancêtres des chevaux domestiques actuels ont commencé à quitter leur foyer d’origine. Ensuite, ils ont reconstruit l’histoire démographique des chevaux pour identifier quand les éleveurs ont entrepris de les produire à grande échelle. Enfin, ils ont cherché des signes génétiques manifestes d’une manipulation délibérée de la reproduction animale par les premiers éleveurs.

Ces trois indices (date du début de l’essor des chevaux domestiques ; démographie ; manipulation de la reproduction) dépeignent tous une histoire cohérente où les chevaux domestiques ont été produits en nombre suffisant pour répondre à une demande exponentielle à travers le continent, démarrant il y a seulement 4 200 ans. Par conséquent, cette date, et aucune autre avant elle, marque le début d’une nouvelle ère dans l’histoire humaine où la mobilité basée sur le cheval a émergé pour rester un élément central de nos sociétés jusqu’à l’essor des moteurs à combustion à partir de la fin du XIXe siècle.

Des recherches consacrées à l’ADN ancien préservé dans des restes humains avaient pourtant révélé que le paysage génétique humain de l’Europe avait connu un changement radical suite à la migration de peuples venus des steppes, souvent décrits comme cavaliers et locuteurs d’une langue proto-indo-européenne. La nouvelle étude ne retrouve aucun signe de tels bouleversements parmi les chevaux de la même époque. Ainsi, et malgré l’omniprésence d’un vocabulaire lié au cheval parmi les langues indo-européennes, les humains ne se sont pas servi du cheval comme moyen de transport au cours de ces migrations.

Les travaux publiés aujourd’hui décrivent une méthode particulièrement innovante permettant d’établir que les générations de chevaux se sont mises à défiler bien plus vite au moment même où leur production devenait massive et où ils envahissaient le continent. Si les premiers éleveurs ont donc pu produire soudainement un nombre aussi colossal de chevaux pour répondre à une demande devenue générale, c’est qu’ils ont réussi à élever et à faire se reproduire des chevaux de plus en plus jeunes, jusqu’à presque doubler leur capacité de production.

L’équipe de recherche a retrouvé les mêmes signes d’une accélération considérable dans la cadence des générations au sein d’une lignée distincte de celle menant aux chevaux domestiques modernes. Cette lignée a été découverte à Botaï, un site d’Asie centrale où des enclos à chevaux et des signes de leur traite et de leur harnachement ont été décrits, mais sont restés fortement débattus. Le nouvel indice génétique dévoilé par l’étude plaide en faveur d’un contrôle avancé de la reproduction des chevaux par les éleveurs. Il conforte les interprétations faisant du peuple sédentaire de Botaï un peuple ayant réussi à domestiquer le cheval il y a 5 500 ans pour en exploiter sa viande et son lait. Le cheval a donc bel et bien été domestiqué deux fois : d’abord pour le manger, et bien longtemps après, pour le monter.

 

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Source : CNRS

Photo : HuanPhoto / Shutterstock

Que disent les pleurs des chiots ?

Afin de comprendre quelles informations sont encodées dans les pleurs des chiots, les scientifiques ont d’abord enregistré 4400 cris produits par plus de 200 chiots Beagle issus de 40 portées différentes. Des analyses acoustiques fines leur ont ensuite permis de montrer que les pleurs contiennent une signature vocale propre à la portée, et, au sein de chaque portée, une signature individuelle… un peu comme si chaque chiot avait un « nom de famille » et un « prénom » !

Mathilde Massenet, qui a piloté l’ensemble des analyses, ajoute que « ces différences concernent notamment la fréquence fondamentale des pleurs, un paramètre important lié à la hauteur perçue, plus ou moins aigüe ou grave, des vocalisations. Chaque portée possède sa propre gamme de fréquences au sein de laquelle, les chiots relativement plus petits émettent généralement des vocalisations plus aigües que celles de leurs frères ou sœurs plus grands ».

Les résultats de cette étude suggèrent donc que les pleurs des chiots peuvent transmettre aux mères des informations importantes leur permettant d’identifier acoustiquement leurs chiots et d’évaluer ce dont ils ont besoin. Les scientifiques ont vérifié cette hypothèse avec des expériences de repasses acoustiques durant lesquelles ils ont présenté aux mères des signaux modifiés avec des méthodes de resynthèse acoustique. Leurs observations sont claires : les chiennes utilisent la hauteur des pleurs pour identifier leurs chiots et évaluer leurs conditions physiques, apportant plus de soins maternels en réponse aux cris de leurs propres chiots particulièrement lorsque ces derniers sont modifiés pour simuler les cris d’un chiot relativement petit de leur portée. « De nombreuses mères apportaient même le haut-parleur dans le nid avec les chiots, montrant qu’en l’absence d’indices olfactifs, les pleurs peuvent à eux seuls déclencher des réactions maternelles extrêmement fortes » ajoute David Reby, responsable de cette étude. Il explique aussi que « ce comportement assez surprenant nous interroge sur la capacité des mères à former une représentation mentale de leurs petits et ouvre de nouvelles perspectives de recherche en cognition animale ».

Est-ce que le pleur du chiot fonctionne comme le pleur du bébé humain ? La réponse est certainement « oui ». « En effet, les pleurs des bébés transmettent également des informations sur leur identité et ces informations sont perçues par leurs parents pour leur apporter des soins », explique Nicolas Mathevon qui dirige également un projet de recherche sur les pleurs des bébés humains. Avec cette étude, les scientifiques ont une nouvelle fois démontré que notre système de communication vocale partage de nombreuses similarités avec celui des espèces animales non humaines.

Cette étude, menée en collaboration avec l’Université du Québec à Chicoutimi (Canada), l’INRAE (Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, France), l’école vétérinaire Maisons-Alfort (France), et avec le soutien financier de l’ANR (IDEXLyon Fellowship attribué à David Reby et projet SCREAM attribué à David Reby et Katarzyna Pisanski) et de l’Institut universitaire de France (chaires attribuées à David Reby et Nicolas Mathevon), fait partie d’un projet plus large visant à améliorer notre compréhension de la communication vocale des mammifères.

 

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Source : CNRS / Université Jean Monnet Saint-Etienne

Photo : Pixel-Shot / Shutterstock

Retour à l’océan pour les deux bébés phoques

Les deux phoques successivement échoués sur la plage du Miramar à Biarritz et à Lit-etMixe dans les Landes en fin d’année 2023, ont retrouvé l’océan le matin du 2 avril 2024 à Vielle-Saint-Girons. Les phoques vivent habituellement dans de grandes colonies le long des côtes anglaises et écossaises mais aussi au niveau des côtes bretonnes en France. Certains portés par de mauvaises conditions météorologiques dérivent et se retrouvent séparés de leurs groupes. Quelques-uns blessés, épuisés ou amaigris s’échouent alors sur les plages de l’Atlantique.

Parfois, les animaux se reposent simplement sur les plages. La présence d’un phoque échoué ne conduit pas automatiquement à son transfert vers le Centre de Soins. Un périmètre de sécurité est alors mis en place autour de lui afin qu’il puisse se rétablir avant de retourner à l’océan. En revanche, s’il présente de forts signaux de faiblesse, le Centre de Soins intervient, en coordination avec le Réseau National d’Echouages PELAGIS.

Ce fut le cas pour les deux bébés phoques de cet hiver qui ont donc passé plusieurs semaines dans le Centre de Soins de l’Aquarium de Biarritz pour panser leurs plaies et reprendre du poids afin d’affronter les éléments. Les soigneurs ont surveillé leur évolution chaque semaine et ont observé la progression de leurs courbes. Une fois atteint environ trente kilos, les phoques sont jugés prêts pour retourner dans leur milieu naturel. Durant leur séjour au Centre de Soins, les interactions entre les humains et les animaux sont réduites au strict minimum pour prévenir toute forme d’imprégnation.

Le moment de la remise à l’eau est un instant suspendu pour toute l’équipe qui s’est dévouée pendant de longues semaines auprès de ces jeunes animaux. Décolorés jusqu’à leur prochaine mue et bagués, ces phoques sont maintenant identifiables dans leurs prochains déplacements. Parfois, des plongeurs ou des marins reconnaissent les petits à des centaines de kilomètres. En 2022, un des protégés relâchés avait été observé par un photographe sous-marin dans les Cornouailles à plus de 800 km, en moins de 4 semaines.

Le début d’une belle aventure pour ces deux phoques gris !

 

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Photo : © Delphine de Castelbajac / Aquarium de Biarritz 2024

SOS animal en surpoids

Tous les propriétaires n’en ont pas conscience pourtant 35 % des chats et 30 % des chiens souffriraient de problèmes de poids en France avec à terme de graves problèmes de santé et un bien-être général altéré. Quels sont les risques du surpoids et comment aider votre animal de compagnie à retrouver sa ligne ?

Des risques importants pour leur santé

Un chat ou un chien est considéré en surpoids quand sa masse grasse augmente de 10% par rapport à son poids de forme. On parle d’obésité à partir de 20%. L’obésité est une maladie chronique qui peut favoriser de sérieux problèmes de santé : problèmes de locomotion, diabète, affections cardiaques, hypertension ainsi qu’un risque de diminution de son espérance de vie. Aussi, il est important de consulter votre vétérinaire pour traiter le surpoids de votre animal. Il pourra ainsi déterminer l’origine de ses kilos superflus et vous conseiller sur l’alimentation la plus adaptée à ses besoins réels.
Le suivi médical est essentiel. Mettre à la diète votre boule de poils sans tenir compte de son état de santé, peut la mettre gravement en danger.

 

Les trois règles d’or de la perte de poids

Le régime alimentaire

L’objectif n’est pas d’affamer ni d’épuiser votre petit potelé. Votre vétérinaire vous aidera à définir son poids « idéal » puis lui proposera un régime alimentaire adapté. Des rations avec plus de protéines, beaucoup moins de lipides et plus de fibres l’aideront à être en forme tout en étant rassasié… et de bonne humeur !

Bye-bye friandises et autres petits extras

Parce que nous aimons leur faire plaisir, nous ne résistons pas à la tentation de leur donner un petit « quelque chose ». Malheureusement, les friandises et restes de repas sont des calories supplémentaires non négligeables qui peuvent peser lourd sur la balance. L’idée n’est pas de les supprimer totalement, mais d’en diminuer la quantité et de les remplacer par des douceurs hypocaloriques, un fruit (pomme sans les pépins) ou un légume (carottes,
courgettes) un câlin ou un jeu.

Bouger plus !

Un régime alimentaire n’est pas suffisant pour faire maigrir votre chien ou votre chat. Pour inverser la balance énergétique, il lui faut bouger plus ! Vous devrez l’inciter à se dépenser quotidiennement. Les activités ludiques, l’usage d’un jouet connecté, la randonnée ou les sorties à vélo par exemple sont d’excellentes solutions pour faire bouger votre compagnon.

Enfin soyez patient ! Accompagner votre animal dans sa perte de poids demande des efforts et du temps.

 

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Source : Agria, assurance pour animaux

Photo : Lightspruch / Shutterstock

Nouvelle édition de la Charte de la photo Animalière

Le Fonds international pour la protection des animaux (IFAW) et Tamron France viennent d’annoncer le lancement de la toute nouvelle édition de la Charte de la photo animalière. Cet événement marque une étape importante dans la promotion d’une photographie respectueuse de la vie animale et de l’environnement. Depuis son introduction en octobre 2021, la Charte de la photo animalière a su fédérer et rallier de nombreux passionnés de photographie et défenseurs de la cause animale. Des grands noms de la photographie, des festivals prestigieux et des institutions renommées ont apporté leur soutien à cette initiative novatrice.

 

6 règles d’or pour une photographie éthique envers la faune sauvage et son environnement

Cette nouvelle édition de la Charte, fruit d’une collaboration étroite entre IFAW & Tamron France, se veut plus accessible, plus dynamique et plus engageante que jamais. Elle intègre les retours d’expérience des photographes de terrain et présente désormais 6 règles d’or à connaître et à partager pour adopter une pratique photographique éthique et responsable.

Dans le cadre de ce nouveau lancement, IFAW & Tamron France invitent tous les amoureux de photographie et les défenseurs de la cause animale à rejoindre cette initiative. En signant la Charte, les participants s’engagent activement à promouvoir des pratiques photographiques respectueuses de la nature et de la vie sauvage.

IFAW & Tamron France encouragent également tous les photographes à partager leurs images en accord avec les valeurs de la Charte en utilisant le hashtag #ChartePhotoAnimalière sur les réseaux sociaux, pour inspirer et sensibiliser le plus grand nombre à cette cause importante.

Pour en savoir plus sur la Charte de la photo animalière et pour la signer, rendez-vous sur : https://www.ifaw.org/fr/campagnes/charte-photo-animaliere

 

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Source : IFAW

Photo : Alexander Sviridov © Shutterstock

Les citoyens invités à compter les oiseaux des jardins les 27 et 28 janvier

Le comptage national des oiseaux des jardins est organisé deux fois par an, lors des derniers week-ends de janvier et de mai afin de disposer d’éléments de comparaison à des périodes aux particularités très différentes en termes d’effectifs et de comportements : l’hivernage et la reproduction. Il suffit alors de consacrer une heure de son temps à recenser les différentes espèces présentes chez soi puis de transmettre ses observations sur la plateforme en ligneLa prochaine édition aura lieu les 27 et 28 janvier 2024.

Cette opération permet de suivre les populations d’oiseaux communs dans un milieu très répandu non couvert par les suivis ornithologiques menés par des experts : les jardins.

Les citoyens pourront suivre un protocole :

  • Choisir un jour d’observation : samedi 27 ou dimanche 28 janvier, et un créneau d’une heure. En cette période hivernale, la fin de matinée ou le début d’après-midi sont à privilégier lorsque les températures sont un peu plus chaudes et les oiseaux plus actifs.
  • Trouver un lieu d’observation : un jardin ou un balcon, un parc public, en ville ou à la campagne.
  • Recenser tous les oiseaux observés pendant une heure grâce à la fiche espèce disponible sur le site de l’Observatoire.
  • Transmettre les données sur le site de l’Observatoire des oiseaux des jardins.

Depuis 2012, cette opération de sciences participatives permet à chacun d’agir concrètement en faveur de la connaissance et de la protection de la biodiversité en alimentant les bases de données naturalistes. En 2023, un nouveau record de participation a été établi avec 27 520 observateurs qui ont pris part au comptage de janvier, permettant de dénombrer 918 178 oiseaux partout en France, avec en tête le Moineau domestique, la Mésange charbonnière et la Mésange bleue.

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Source : MNHN

Photo : Łukasz Rawa sur Unsplash